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10X Genomics聯(lián)合坐鎮(zhèn)單細(xì)胞核測(cè)序

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2024-07-26 15:15:13  瀏覽次數(shù):29
核心提示:?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-seq)技術(shù)作為一項(xiàng)革命性的生物學(xué)工具,讓人們更直觀的認(rèn)識(shí)到不同的細(xì)胞亞群和狀態(tài)。但由于凍存組織無(wú)法制備高質(zhì)量的細(xì)胞懸液以及細(xì)胞形狀不規(guī)則,細(xì)胞體積較大的無(wú)法

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-seq)技術(shù)作為一項(xiàng)革命性的生物學(xué)工具,讓人們更直觀的認(rèn)識(shí)到不同的細(xì)胞亞群和狀態(tài)。但由于凍存組織無(wú)法制備高質(zhì)量的細(xì)胞懸液以及細(xì)胞形狀不規(guī)則,細(xì)胞體積較大的無(wú)法直接通過(guò)scRNA測(cè)序來(lái)分析。

這時(shí),單細(xì)胞水平上的核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(snRNA-seq)應(yīng)運(yùn)而生,帶來(lái)了一種新的解決方案。單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序就是把組織抽核,制備成單細(xì)胞核懸液進(jìn)行核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。大大減少了處理的難度,加速了人類對(duì)疾病發(fā)生發(fā)展探索的步伐。

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強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,助力單細(xì)胞核測(cè)序時(shí)代

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實(shí)驗(yàn)步驟

1) 將新鮮冷凍的人腦組織進(jìn)行解離并過(guò)濾制成核懸液。

2) 使用單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala 進(jìn)行核分選后,進(jìn)行計(jì)數(shù)和成像以確定細(xì)胞數(shù)量和碎片清除效率。

3) 計(jì)數(shù)后的核稀釋至300,000個(gè)/ml , 每次添加600μl懸液至Pala細(xì)胞芯片中,進(jìn)行大量細(xì)胞分選模式。分析并根據(jù)FSC(前向散射)/ALL(軸向光損失)和FSC/PI圖表對(duì)核進(jìn)行門控,以去除雙聯(lián)體和碎片。

4) 加載到10X Genomics進(jìn)行文庫(kù)制備和測(cè)序

單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala和10X Genomics聯(lián)合坐鎮(zhèn)單細(xì)胞核測(cè)序,用數(shù)據(jù)說(shuō)話portant;width:657px !important;" />


實(shí)驗(yàn)結(jié)果

1) 對(duì)比來(lái)自解離的大腦核圖像發(fā)現(xiàn),經(jīng)過(guò)單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala后的組織成功清除了碎片。

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2) Pala與標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)對(duì)比,發(fā)現(xiàn)經(jīng)過(guò)Pala分選后的細(xì)胞數(shù)量更多,每個(gè)細(xì)胞的平均讀數(shù)更低,每個(gè)的總讀數(shù)更多,測(cè)序飽和度更低。

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3) 從結(jié)果圖中看到,標(biāo)準(zhǔn)主要由少突膠質(zhì)細(xì)胞主導(dǎo),而Pala測(cè)序顯示出更多的集群和更均勻的細(xì)胞類型分布。

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相較于傳統(tǒng)核準(zhǔn)備方法,單細(xì)胞柔性分選系統(tǒng)Pala提供了以下優(yōu)勢(shì):

輕柔分選

<2si 的鞘液壓力,減少了對(duì)細(xì)胞的物理?yè)p傷,特別是脆弱的細(xì)胞類型,如神經(jīng)細(xì)胞。

去除細(xì)胞聚集體和碎片

Pala能夠有效去除細(xì)胞聚集體和大小不一的碎片,這對(duì)于提高后續(xù)測(cè)序步驟中獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)至關(guān)重要。

高細(xì)胞恢復(fù)率

Pala分選的比標(biāo)準(zhǔn)多產(chǎn)生了10%的細(xì)胞,這表明Pala在分選過(guò)程中能夠更有效地恢復(fù)細(xì)胞。

簡(jiǎn)化操作流程

Pala的設(shè)置和操作相對(duì)簡(jiǎn)單,使得用戶能夠快速上手并進(jìn)行實(shí)驗(yàn),減少了因操作復(fù)雜性帶來(lái)的技術(shù)障礙。

減少實(shí)驗(yàn)時(shí)間和成本

與傳統(tǒng)的FACS相比,Pala的簡(jiǎn)化流程和較低的運(yùn)行成本

適用于多種類型

適用于多種類型的細(xì)胞和核,包括那些難以通過(guò)傳統(tǒng)方法分離的細(xì)胞類型。

靈活分選

提供三種分選模式,包括單細(xì)胞分選,稀有細(xì)胞富集,大量細(xì)胞分選

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總的來(lái)說(shuō),單細(xì)胞柔性分選平臺(tái)Pala 和 10X Genomics強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,為單細(xì)胞RNA測(cè)序提供了一個(gè)高質(zhì)量、高效率的準(zhǔn)備方案。


更多詳情:https://www.chem17.com/tech_news/detail/3704206.html

 
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